No intuito de aumentar a oferta de sementes nativas e aumentar o número de espécies florestais utilizadas nos reflorestamentos apoiados ou executados diretamente pelo IBF, em 2006 instituiu-se uma rede coleta de sementes nativas, baseada no incentivo a coleta dessas sementes. A equipe atua na indentificação e demarcação de matrizes arbóreas da Mata Atlântica e Cerrado, levantamentos florísticos, coleta, processamento, troca, venda e compra de sementes florestais nativas.